期刊文献+
任意字段
题名或关键词
题名
关键词
摘要
作者
第一作者
机构
刊名
分类号
参考文献
作者简介
基金资助
栏目信息
共找到767篇文章
< 1 2 … 39 >
每页显示 20 50 100
已选0条
引用分析
参考文献
引证文献
 统计分析
检索结果
已选文献
显示方式：
基于转录组数据的玉米小斑病菌EST-SSR分子标记开发及多态性分析 认领 引用 被引量：2
1
作者 徐超 李迪 +5 位作者 杨艳艳 马旭阳 马庆周 郭雅双 施艳 张猛 《福建农林大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2026年第1期33-44,共12页
【目的】基于玉米小斑病菌(Bipolaris maydis)转录组数据鉴定简单重复序列(SSR)位点,开发可用于该植物病原真菌种内遗传变异分析的全新DNA分子标记。【方法】使用MISA软件对玉米小斑病菌去冗余的unigenes进行SSR标记检索与分析,采用Prim... 【目的】基于玉米小斑病菌(Bipolaris maydis)转录组数据鉴定简单重复序列(SSR)位点,开发可用于该植物病原真菌种内遗传变异分析的全新DNA分子标记。【方法】使用MISA软件对玉米小斑病菌去冗余的unigenes进行SSR标记检索与分析,采用Primer 3.0设计SSR引物,通过本地BLASTN比对以及原始测序数据的mapping筛选具有潜在扩增多态性的SSR引物,并通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳验证所筛选引物的有效性、多态性和通用性。【结果】在14549条玉米小斑病菌unigenes序列中共检索到5767个SSR位点,发生频率和分布频率分别为23.52%和39.64%,平均分布距离为4.94 kb。其中,单核苷酸重复类型最丰富,占总SSR位点总数的40.70%,二核苷酸(28.18%)和三核苷酸重复类型(26.69%)次之。A/T、AC/GT、C/G和AG/CT是其优势重复基序,共占SSR位点总数的67.05%。SSR基序的重复次数主要在5~14次之间,以10次重复最多(占25.92%),其中,绝大部分为单核苷酸。SSR序列长度的分布范围为10~84 bp,以长度为10 bp的SSR位点数量最多,占SSR位点总数的23.32%,序列长度≥20 bp(高多态性)的SSR共有1309条,占总数的22.70%。进一步通过生物信息学手段和PCR产物电泳检测从100对随机抽选的引物中筛选得到29对扩增性好且多态性较高的SSR引物。【结论】玉米小斑病菌转录组含丰富的SSR位点,具有开发多态性引物的潜力;本次筛选得到的SSR引物可用于后续玉米小斑病菌的种群变异及遗传图谱等研究。 展开更多
关键词 玉米小斑病 玉蜀黍平脐蠕孢 转录组 EST-SSR 多态性
暂未订购 下载PDF
苎麻单纤维细度和强力的EST-SSR关联分析 认领 引用
2
作者 赵龙 许岳军 +5 位作者 揭红东 马玉申 唐艳仪 吕雪莹 刘小春 揭雨成 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2026年第9期2904-2910,共7页
为加快苎麻(Boehmeria nivea)高细度,高强力的苎麻种质的选育过程,本研究利用15对具有良好多态性的EST-SSR引物对126份苎麻种质资源的单纤维细度与强力进行关联分析。结果表明,不同苎麻种质资源单纤维强力与纤维细度差异较大,强力分布在... 为加快苎麻(Boehmeria nivea)高细度,高强力的苎麻种质的选育过程,本研究利用15对具有良好多态性的EST-SSR引物对126份苎麻种质资源的单纤维细度与强力进行关联分析。结果表明,不同苎麻种质资源单纤维强力与纤维细度差异较大,强力分布在10.70~69.10 cN之间,细度分布在802~3034支之间。对苎麻单纤维强力和细度进行关联分析,共筛选到6个与之显著关联的标记(P<0.05),其中有1对引物14691与二麻强力、二麻细度都显著关联,有3对引物14445、14990、15058都与单纤维强力显著关联;有2对引物20847、15123与单纤维细度显著关联。因此,在15对EST-SSR引物中,14691这个标记和单纤维细度与强力的关联较为紧密与稳定,推测其为影响苎麻单纤维细度和强力的重要位点。本研究关联得到的EST-SSR标记可为进一步探究苎麻单纤维细度和强力遗传机理及其遗传育种提供理论依据。 展开更多
关键词 苎麻 单纤维细度 强力 EST-SSR 标记
暂未订购 下载PDF
苎麻单纤维细度的EST-SSR关联分析 认领 引用
3
作者 赵龙 汪娅梅 +4 位作者 揭红东 马玉申 杨奕涵 丁俊 揭雨成 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2026年第5期1535-1543,共9页
为加快苎麻[Boehmeria nivea(L.)Gaudich]高单纤维细度优良品种的选育过程,本研究用168对具有良好多态性的EST-SSR引物对142份F1群体和135份苎麻自然苎麻种质的单纤维细度进行关联分析,在142个子代的杂交F1群体中,共检测到10个显著关联... 为加快苎麻[Boehmeria nivea(L.)Gaudich]高单纤维细度优良品种的选育过程,本研究用168对具有良好多态性的EST-SSR引物对142份F1群体和135份苎麻自然苎麻种质的单纤维细度进行关联分析,在142个子代的杂交F1群体中,共检测到10个显著关联的标记(P<0.05)。在135个种质的自然群体中,共检测到10个显著关联的标记(P<0.05),其中头麻与二麻的有1个共同标记(12392),二麻和三麻有2个共同标记(14445,23485)。对比2个群体,均有1个标记(11503-2)出现。因此,在168对EST-SSR引物中,12392、14445、23485、11503-2这4个标记和单纤维细度的关联较为紧密与稳定,推测其为影响苎麻单纤维细度的重要位点。本研究关联得到的EST-SSR标记可为进一步探究苎麻单纤维细度遗传机理及其遗传育种提供理论依据。 展开更多
关键词 苎麻 单纤维细度 EST-SSR 标记
暂未订购 下载PDF
基于EST-SSR的牡丹遗传多样性及观赏性状关联分析 认领 引用
4
作者 高凯 张智慧 +5 位作者 归凯旋 周晓君 王璇 王二强 张延召 程彦伟 《安徽农业科学》 CAS 2026年第4期79-85,共7页
[目的]研究牡丹种质资源遗传多样性和牡丹观赏性状之间关系。[方法]以30份不同品种牡丹为材料,采用20对高多态性EST-SSR引物开展遗传多样性分析,利用Structure软件进行群体遗传结构分析,利用Tassel 5.0软件将分子标记位点与花型、花朵... [目的]研究牡丹种质资源遗传多样性和牡丹观赏性状之间关系。[方法]以30份不同品种牡丹为材料,采用20对高多态性EST-SSR引物开展遗传多样性分析,利用Structure软件进行群体遗传结构分析,利用Tassel 5.0软件将分子标记位点与花型、花朵大小、花色、花期早晚、生长势、开花率6个观赏性状进行关联分析。[结果]15对高多态性引物的多态信息指数(PIC)平均值为0.584;Shannon’s信息指数(I)平均值为1.261,期望杂合度(He)平均值为0.632;通过关联分析,统计到5个EST-SSR分子标记位点与5个观赏性状显著相关(P<0.05),其中3个位点(PS021、PS062、PS071)与花期早晚、花色、成花率3个观赏性状呈极显著相关(P<0.01)。[结论]参试的30份牡丹品种资源遗传多样性丰富,自然群体结构简单,可降低群体结构对关联分析的影响,并获得5个与观赏性状显著相关的分子标记。 展开更多
关键词 EST-SSR 牡丹 遗传多样性 观赏性状 关联分析
暂未订购 下载PDF
罗浮柿EST-SSR分子标记开发和种群遗传多样性评价 认领 引用
5
作者 汤瑞瑜 李想 +2 位作者 黄钰琳 冯钰 张永华 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2026年第1期63-71,共9页
该研究基于罗浮柿(Diospyros morrisiana)幼苗转录组数据,利用Candi SSR软件开发了1620对具有多态性的EST-SSR分子标记,并基于随机筛选的15对EST-SSR分子标记对8个天然种源地的157株罗浮柿野生植株的遗传多样性进行评价。结果表明,转录... 该研究基于罗浮柿(Diospyros morrisiana)幼苗转录组数据,利用Candi SSR软件开发了1620对具有多态性的EST-SSR分子标记,并基于随机筛选的15对EST-SSR分子标记对8个天然种源地的157株罗浮柿野生植株的遗传多样性进行评价。结果表明,转录组数据集包含100285条Unigene序列,总长为98738602 bp;其中含有34121个SSR位点,发生频率为34.02%,约每2.89 kb含1个SSR位点。从中随机选择的15对具有良好多态性的EST-SSR引物,多态性信息含量(PIC)为0.244~0.877,均值为0.623,其中12个位点具有高度多态性(PIC:0.543~0.788)。基于15对EST-SSR引物的8个罗浮柿野生种群的观测杂合度为0.503~0.650,期望杂合度为0.574~0.610,Shannon多样性指数为1.072~1.245,表现出中等遗传多样性。罗浮柿野生种群的遗传变异绝大部分在种群内(83.29%),种群间存在广泛的基因流,遗传关系较近。该研究为开展罗浮柿的种质资源评价、遗传多样性分析和分子标记辅助育种提供技术支持和科学依据。 展开更多
关键词 罗浮柿 引物开发 EST-SSR 遗传结构 遗传多样性
暂未订购 下载PDF
基于转录组的睡莲EST-SSR遗传多样性分析 认领 引用
6
作者 胡一航 单松望 +1 位作者 陈龙清 谯正林 《湖北农业科学》 2026年第5期130-141,148,共12页
基于转录组开发睡莲(Nymphaea L.)EST-SSR标记,并进行遗传多样性分析,为睡莲种质资源鉴定、遗传多样性评估及分子标记辅助育种提供可靠工具。试验基于泰王睡莲(Nymphaea‘King of Siam’)花器官转录组数据拼接获得362982条Unigene,从中... 基于转录组开发睡莲(Nymphaea L.)EST-SSR标记,并进行遗传多样性分析,为睡莲种质资源鉴定、遗传多样性评估及分子标记辅助育种提供可靠工具。试验基于泰王睡莲(Nymphaea‘King of Siam’)花器官转录组数据拼接获得362982条Unigene,从中开发出29对多态性EST-SSR引物,并结合9条ISSR引物对77份睡莲种质进行遗传多样性分析。结果表明,EST-SSR标记表现出较高的多态性,平均等位基因数(Na)为4.7931,平均期望杂合度(He)为0.6484。聚类分析表明,77份睡莲种质可划分为耐寒与热带两大类群,揭示出二者之间存在显著的遗传分化。ISSR标记分析结果与EST-SSR基本一致,但EST-SSR在多态性检测效率和分辨率方面更具优势。BLAST比对结果显示,20个SSR位点与开花调控、抗逆反应及重金属富集等相关功能基因显著关联。77份睡莲种质表现出丰富的遗传多样性,ESTSSR及ISSR可有效鉴定其耐寒与热带类群间的遗传分化,并表明EST-SSR标记的技术优势,可用于睡莲遗传多样性研究。 展开更多
关键词 睡莲(Nymphaea L.) EST-SSR标记 ISSR标记 遗传多样性分析 功能基因
暂未订购 下载PDF
基于EST-SSR标记的古槐遗传多样性评价及群体结构分析 认领 引用
7
作者 蒲文佳 彭祚登 《西北林学院学报》 CSCD 北大核心 2026年第2期11-19,共9页
利用EST-SSR分子标记评价古槐群体的遗传多样性,并解析其群体结构以及群体之间的亲缘关系,为国槐优质种质资源筛选及古树保护工作提供科学借鉴。16对EST-SSR分子标记评价来自6个群体91份供试材料的遗传多样性,通过遗传参数评价古槐群体... 利用EST-SSR分子标记评价古槐群体的遗传多样性,并解析其群体结构以及群体之间的亲缘关系,为国槐优质种质资源筛选及古树保护工作提供科学借鉴。16对EST-SSR分子标记评价来自6个群体91份供试材料的遗传多样性,通过遗传参数评价古槐群体的遗传多样性丰富度;采用AMOVA方差分析探究群体的遗传分化水平;STRUCTURE群体结构分析、PCoA主坐标分析以及UPGMA聚类分析互相验证揭示群体的遗传结构。结果表明,EST-SSR分子标记共扩增出了90个等位基因,表现出较丰富的遗传多样性水平(I=1.056、H=0.572、He=0.571)。AMOVA分析表明,95%的遗传变异发生在群体内部。群体间的遗传分化系数Fst均值为0.046,遗传分化程度处于较低水平。STRUCTURE分析、PCoA分析以及UPGMA分析的结果较为一致,6个群体可分为3个亚群。综上所述,供试古槐群体遗传多样性水平较丰富,群体间存在着持续且有效的基因交流,整体上未表现明显的近交衰退。山东潍坊(WF)古槐群体表现最佳,应充分保护并合理利用;北京(BJ)和山东淄博(ZB)古树群体存在杂合子略微缺失、遗传多样性低等问题,应及时保育。 展开更多
关键词 国槐 古树 EST-SSR分子标记 遗传多样性 遗传结构
暂未订购 下载PDF
基于EST-SSR分子标记的艾种质资源遗传多样性分析与DNA指纹图谱构建 认领 引用 被引量：3
8
作者 马钰洋 陈昌婕 +3 位作者 王明星 方艳 苗玉焕 刘大会 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2025年第9期2356-2364,共9页
探讨不同艾种质资源的遗传多样性及遗传进化关系,为艾种质鉴定、品种选育及资源保护提供依据。以192份艾种质资源为研究对象,利用艾转录组数据筛选设计简单重复序列(EST-SSR)引物,对不同艾种质资源进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,并利用... 探讨不同艾种质资源的遗传多样性及遗传进化关系,为艾种质鉴定、品种选育及资源保护提供依据。以192份艾种质资源为研究对象,利用艾转录组数据筛选设计简单重复序列(EST-SSR)引物,对不同艾种质资源进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,并利用荧光毛细管电泳技术检测,分析其遗传多样性并构建DNA指纹图谱。从设计的197对引物中共筛选出28对具有多态性且条带清晰的引物,从中共检测到278个等位基因,平均每对引物检测到9.900 0个等位基因,平均有效等位基因为1.407 2个。艾种质资源的Shannon′s多样性信息指数(I)介于0.148 1~0.418 0,平均为0.255 7;多态信息含量(PIC)变化范围为0.454 5~0.878 0,平均为0.766 9,表现出较高的多态性。聚类分析可将艾种质资源分为3大类,其中类群Ⅰ包含136份种质,类群Ⅱ包含45份种质,类群Ⅲ包含11份种质。主成分分析将资源分为3个类群,与聚类结果基本一致。Mantel test检测显示,艾种群的遗传变异在一定程度上受到地理距离的影响,但影响不大。Structure分析显示有190份种质材料的Q≥0.6,其基因来源较单一。进一步从28对引物中筛选出了8对核心引物,能够将各种质进行区分,并基于这8对核心引物成功构建了192份艾种质资源的DNA指纹图谱。EST-SSR分子标记可用于艾遗传多样性和亲缘关系的研究,可为艾种质资源的品种鉴定和分子辅助育种提供理论支撑。 展开更多
关键词 艾 EST-SSR 遗传多样性 聚类分析 DNA指纹图谱
暂未订购 下载PDF
冰草高蛋白含量相关EST-SSR标记开发与验证 认领 引用 被引量：2
9
作者 杨东升 刘雨雷 +5 位作者 王海伟 苏志芳 王海燕 郭利平 安琪 郝水源 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2025年第9期2244-2251,共8页
粗蛋白含量是冰草(Agropyron)重要的营养品质性状之一。为获得与冰草粗蛋白含量紧密相关的EST-SSR标记,本试验以蒙古冰草(A.mongolicum)、航道冰草(A.cristatum)及其杂交加倍后代四倍体冰草F2分离群体为材料,基于群体分离分析法(BSA... 粗蛋白含量是冰草(Agropyron)重要的营养品质性状之一。为获得与冰草粗蛋白含量紧密相关的EST-SSR标记,本试验以蒙古冰草(A.mongolicum)、航道冰草(A.cristatum)及其杂交加倍后代四倍体冰草F2分离群体为材料,基于群体分离分析法(BSA)技术,利用42对EST-SSR引物进行PCR扩增,开发、筛选冰草高蛋白含量相关的ESTSSR标记,并通过F2分离单株进行标记位点验证和相关性分析。结果表明:获得1个与粗蛋白含量相关的分子标记SSR-BC5-82,该标记与粗蛋白含量呈极显著相关关系(P<0.01),准确度高、可靠性强。本研究结果对高效创制四倍体冰草高蛋白新种质及丰富冰草分子标记类型具有重要意义。 展开更多
关键词 冰草 高蛋白含量 EST-SSR标记 开发 验证
暂未订购 下载PDF
基于RNA-seq的冰草EST-SSR标记开发及验证 认领 引用 被引量：2
10
作者 杨东升 李冉 +4 位作者 宝格日乐 王海伟 卢倩倩 郝水源 刘建华 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2025年第7期891-901,共11页
冰草是小麦抗逆遗传改良的重要近缘植物,开发冰草基因组分子标记对于加快冰草的遗传育种效率和利用具有重要意义。本研究基于转录组测序(RNA-seq)技术,对2个冰草材料的幼嫩根、茎、叶片及结实期的花穗、种子进行生物信息学分析,开发高... 冰草是小麦抗逆遗传改良的重要近缘植物,开发冰草基因组分子标记对于加快冰草的遗传育种效率和利用具有重要意义。本研究基于转录组测序(RNA-seq)技术,对2个冰草材料的幼嫩根、茎、叶片及结实期的花穗、种子进行生物信息学分析,开发高多态性的EST-SSR标记并进行验证。结果表明,共获得23491793条高质量序列,其碱其长7.03 Gb,GC含量56.44%,Q30为93.04%。共获得33993条Unigene,总长度为29309958 bp。将所获Unigene与9大功能数据库进行比对,共有25614条Unigene获得功能注释,其中Nr数据库共注释24557条,GO数据库注释到66193条Unigene,按功能分为3个大类和42个亚类;共14412条Unigene注释到KEGG数据库的136条代谢通路;有11321条Unigene在KOG数据库获得注释,归属为25个功能类别;共预测到大于100 bp的CDS有7288条,SSR位点2443个,其中三碱基重复1439个,占总数的58.90%;获得EST-SSR多态性引物42对,从中随机选择10对在冰草的30个F2代分离单株进行有效性验证,平均多态性比率为48.33%。以上结果说明利用RNA-seq技术大量开发的EST-SSR引物,可高效地应用于四倍体冰草产量、品质性状相关的标记开发、优异新种质指纹图谱构建及精准分子标记辅助育种。 展开更多
关键词 冰草 RNA-seq 生物信息学分析 EST-SSR标记开发 验证
暂未订购 下载PDF
云南南涧县古茶树资源遗传多样性的EST-SSR分析 认领 引用 被引量：2
11
作者 刘娇 杨雄伟 +2 位作者 何胜聪 程小毛 黄晓霞 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2025年第3期261-268,共8页
为探究栽培型古茶树阿萨姆茶(Camellia sinensis var. assamica)种质资源的遗传多样性,采用EST-SSR分子标记技术对云南南涧县无量山镇古茶园64份种质资源进行遗传多样性和遗传结构分析。结果表明, 20对引物共检测出223个等位基因,群体... 为探究栽培型古茶树阿萨姆茶(Camellia sinensis var. assamica)种质资源的遗传多样性,采用EST-SSR分子标记技术对云南南涧县无量山镇古茶园64份种质资源进行遗传多样性和遗传结构分析。结果表明, 20对引物共检测出223个等位基因,群体间平均有效等位基因数为3.48个;观测等位基因数(Na)为6.25;有效等位基因数(Ne)为2.983;Shannon多样性指数(I)为1.251;Nei基因多样性指数(H)为0.646。POPGENE分析表明遗传分化系数(Fst)为0.063,居群间存在中度分化,基因流(Nm)为3.710。AMOVA分子方差分析表明,阿萨姆茶的遗传变异14%发生在居群间,86%发生在居群内,说明阿萨姆茶居群遗传变异主要发生在居群内部,且基因交流丰富。南涧县古茶园古茶树居群的遗传多样性丰富,这为阿萨姆茶种质资源的保护利用和新品种选育提供了科学依据。 展开更多
关键词 古茶园 古茶树 EST-SSR 遗传多样性
暂未订购 下载PDF
猕猴桃果肉颜色性状基因及其EST-SSR标记发掘 认领 引用
12
作者 孙淑霞 涂美艳 +6 位作者 李靖 陈栋 宋海岩 徐子鸿 廖明安 李明章 江国良 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2025年第5期1469-1480,共12页
果肉颜色是猕猴桃重要的品质性状,不同果肉颜色的猕猴桃在色素成分、糖和维生素C含量等方面存在很大差异。为了探究猕猴桃果肉颜色形成的分子机制,本研究以红肉猕猴桃‘红实2号’和黄肉猕猴桃‘金实1号’为研究对象,采用RNA-seq技术,通... 果肉颜色是猕猴桃重要的品质性状,不同果肉颜色的猕猴桃在色素成分、糖和维生素C含量等方面存在很大差异。为了探究猕猴桃果肉颜色形成的分子机制,本研究以红肉猕猴桃‘红实2号’和黄肉猕猴桃‘金实1号’为研究对象,采用RNA-seq技术,通过分析果实不同时期不同部位的转录组表达差异。结果表明,编码花青素合成的Achn385311(3GGT)基因可能是控制‘红实2号’内果皮呈红色的主效基因,‘金实1号’后期果肉呈深黄色可能与Achn158981(GT7)、Achn150731、Achn068721(PAO)、Achn282201(PAO)和Achn176251(UGT71A16)等基因的表达调控有关。针对差异表达的230个猕猴桃果肉颜色相关基因,利用Primer Premier 5.0设计出727对EST-SSR引物,以7份不同果肉颜色的猕猴桃基因组DNA为模板,随机选择112对引物进行有效性验证,筛选出了具有清晰的扩增产物的引物78对,有效扩增率为69.64%,58对具有多态性,多态性频率为74.36%。本研究结果为猕猴桃果实呈色机理研究及分子标记辅助育种提供了理论基础。 展开更多
关键词 猕猴桃 转录组 花青素 类胡萝卜素 EST-SSR
暂未订购 下载PDF
葡萄科植物trnL、trnL-F和EST-SSR的分离及序列分析 认领 引用
13
作者 邱璐 宋红 +3 位作者 包刘媛 何海艳 许留新 杨海艳 《昭通学院学报》 2025年第5期98-108,共11页
葡萄科植物trnL、trnL-F和EST-SSR分离及测序分析,用于评价三种DNA条形码对葡萄科植物亲缘关系分析的价值。提取11种葡萄科植物基因组DNA,通过PCR技术分离trnL、trnL-F和ESTSSR DNA序列,对测序结果进行同源系列比对。结果显示,trnL内含... 葡萄科植物trnL、trnL-F和EST-SSR分离及测序分析,用于评价三种DNA条形码对葡萄科植物亲缘关系分析的价值。提取11种葡萄科植物基因组DNA,通过PCR技术分离trnL、trnL-F和ESTSSR DNA序列,对测序结果进行同源系列比对。结果显示,trnL内含子序列长550~570 bp,trnL-F序列长945~955 bp,EST-SSR序列长为145~155 bp。系统树分析发现,trnL-F种间聚类结果优于EST-SSR及trnL,EST-SSR种内聚类结果优于trnL。在trnL-F系列聚类中,毛叶崖爬藤(Tetrastigma obtectum Planch.var.pilosum Gagnep)属单独聚为一类,葡萄属独自聚为一类,聚类结果较为合理。在EST-SSR系列聚类中,欧亚葡萄聚为一类,欧美葡萄聚为一类。在trnL系列中,葡萄科植物的聚类混乱。结论trnL-F结合EST-SSR作为DNA条形码可较好用于葡萄科植物亲缘关系分析和物种鉴定。 展开更多
关键词 葡萄科 trnL trnL-F EST-SSR DNA条形码 系统树 亲缘关系
暂未订购 下载PDF
葡萄科植物trnL、trnL-F和EST-SSR的分离及序列分析 认领 引用
14
作者 邱璐 宋红 +3 位作者 包刘媛 何海艳 许留新 杨海艳 《昭通学院学报》 2025年第5期98-108,共11页
葡萄科植物trnL、trnL-F和EST-SSR分离及测序分析,用于评价三种DNA条形码对葡萄科植物亲缘关系分析的价值。提取11种葡萄科植物基因组DNA,通过PCR技术分离trnL、trnL-F和ESTSSR DNA序列,对测序结果进行同源系列比对。结果显示,trnL内含... 葡萄科植物trnL、trnL-F和EST-SSR分离及测序分析,用于评价三种DNA条形码对葡萄科植物亲缘关系分析的价值。提取11种葡萄科植物基因组DNA,通过PCR技术分离trnL、trnL-F和ESTSSR DNA序列,对测序结果进行同源系列比对。结果显示,trnL内含子序列长550~570 bp,trnL-F序列长945~955 bp,EST-SSR序列长为145~155 bp。系统树分析发现,trnL-F种间聚类结果优于EST-SSR及trnL,EST-SSR种内聚类结果优于trnL。在trnL-F系列聚类中,毛叶崖爬藤(Tetrastigma obtectum Planch. var. pilosum Gagnep)属单独聚为一类,葡萄属独自聚为一类,聚类结果较为合理。在EST-SSR系列聚类中,欧亚葡萄聚为一类,欧美葡萄聚为一类。在trnL系列中,葡萄科植物的聚类混乱。结论 trnL-F结合EST-SSR作为DNA条形码可较好用于葡萄科植物亲缘关系分析和物种鉴定。 展开更多
关键词 葡萄科 trnL trnL-F EST-SSR DNA条形码 系统树 亲缘关系
暂未订购 下载PDF
异质生境下山东银莲花的转录组分析及EST-SSR分子标记开发 认领 引用 被引量：1
15
作者 单筱涵 安康 +4 位作者 周春霞 张鑫 逄玉娟 李丽霞 卞福花 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2025年第1期95-107,共13页
为探究稀有物种山东银莲花在全光照的山顶灌丛和阴暗的针阔混交林下两种不同生境中的生态适应机制,并开发其EST-SSR分子标记,该研究利用Illumina高通量测序技术对开花期的山东银莲花叶片进行转录组测序,获取其功能注释和差异表达基因(DE... 为探究稀有物种山东银莲花在全光照的山顶灌丛和阴暗的针阔混交林下两种不同生境中的生态适应机制,并开发其EST-SSR分子标记,该研究利用Illumina高通量测序技术对开花期的山东银莲花叶片进行转录组测序,获取其功能注释和差异表达基因(DEGs)。结果表明:(1)转录组测序共得到53536条Unigenes序列,其中27448条成功获得注释。(2)差异表达基因5635个,1600个在山顶灌丛的山东银莲花中上调表达,其余4035个下调表达。有2460个差异表达基因注释到GO数据库2533个三级条目中,1051个差异表达基因注释到KEGG数据库的113条代谢通路中。(3)山东银莲花适应于异质生境的代谢通路主要涉及光合作用-天线蛋白通路和类黄酮生物合成通路,光合作用-天线蛋白通路中lhca 5基因上调表达,lhcb 1、lhcb 2和lhcb 3基因下调表达,类黄酮生物合成通路中chs、c 4 h、f 3′h、f 3 h、fls、ans、chi、ccoaomt和hct基因均上调表达。(4)从山东银莲花转录组数据中共获得7146个SSR位点分布于6006条Unigenes序列中,共计106种重复基序,优势重复基序为单核苷酸重复。设计合成100对EST-SSR引物中共有68对引物具有有效性,其中11对具有多态性,共扩增24个多态性片段。该研究首次开发了山东银莲花EST-SSR分子标记,为山东银莲花的保护和利用提供了重要的分子标记资源。 展开更多
关键词 异质生境 山东银莲花 转录组 EST-SSR 生态适应机制
暂未订购 下载PDF
基于转录组序列的龙脑樟EST-SSR标记开发及通用性分析 认领 引用 被引量：1
16
作者 黄文丁 胡蓉 +6 位作者 赖猛 杨亮 罗馨 陈婷萱 谢文磊 谢海萍 易敏 《西南林业大学学报（自然科学）》 CAS 北大核心 2025年第5期79-86,共8页
利用MISA软件对通过转录组测序获得的187095条龙脑樟unigenes进行SSR位点检测,探讨SSR的分布规律及组成特征并设计引物,进行引物多态性和通用性分析。结果表明:在187095条unigenes中共搜索到90590个SSR位点,SSR出现频率为48.42%,平均1.9... 利用MISA软件对通过转录组测序获得的187095条龙脑樟unigenes进行SSR位点检测,探讨SSR的分布规律及组成特征并设计引物,进行引物多态性和通用性分析。结果表明:在187095条unigenes中共搜索到90590个SSR位点,SSR出现频率为48.42%,平均1.99 kb出现1个SSR位点,含有SSR位点的unigenes共计68573个,SSR发生频率为36.65%。龙脑樟EST-SSR重复类型中除单核苷酸外,二核苷酸重复类型出现频率最高,其次是三核苷酸。在检测到的21777个二核苷酸重复SSR中,重复单元AG/CT(16.06%)数量最多,为优势重复单元,其次是AT/AT(5.37%)、AC/GT(2.53%)、CG/CG(0.09%)。三核苷酸中AAG/CTT(4.37%)出现频率最高,为优势重复单元。利用Primer3.0设计并合成118对SSR引物,有96对扩增成功(81.36%),其中14对呈现多态(11.86%),在5种不同化学类型中的平均多态性信息含量(PIC)为0.381,其中有3对引物属于高多态性位点。开发的14对EST-SSR引物在同属的油樟、牛樟、黄樟、阴香、猴樟等5个物种中的通用性为100%。综上所述,基于龙脑樟转录组开发的EST-SSR标记具有较高的多态性和通用性,该方法是可行的。 展开更多
关键词 龙脑樟 转录组 EST-SSR标记 通用性
暂未订购 下载PDF
基于转录组测序的侧柏EST-SSR引物开发与鉴定分析 认领 引用
17
作者 李锦秋 毕楷杰 +3 位作者 王立成 柳俊明 李清泉 顾丽姣 《林业与生态科学》 2025年第3期239-246,共8页
为了评价和利用侧柏种质资源,基于转录组测序技术,以侧柏的根、茎、叶为材料开发EST-SSR引物,并以黄叶侧柏MC1的半同胞子代黄叶苗和绿叶苗为样本,评估引物在不同侧柏资源中的适用性和多态性。结果表明根器官转录组中SSR位点数大于茎器... 为了评价和利用侧柏种质资源,基于转录组测序技术,以侧柏的根、茎、叶为材料开发EST-SSR引物,并以黄叶侧柏MC1的半同胞子代黄叶苗和绿叶苗为样本,评估引物在不同侧柏资源中的适用性和多态性。结果表明根器官转录组中SSR位点数大于茎器官、叶器官。叶器官中SSR重复类型大于茎器官、根器官。3个器官中优势基序均为A/T、AG/CT、AAG/CTT。3个器官中10、15、18 bp长度的SSR数量最多。60对EST-SSR引物有效率为100%,多态性率为16.67%,不同引物PIC值的变化范围为0.322~0.722。利用10对多态性引物扩增产物数据将样本进行聚类分析和遗传分析,并推测MC1半同胞子代有50%属于异交子代,其余疑似为自交子代,在遗传距离为200时,异交子代群体和疑似自交子代群体被划分为13大类群。 展开更多
关键词 黄叶侧柏MC1 转录组 EST-SSR 子代鉴定
暂未订购 下载PDF
基于EST-SSR的钟花樱与近缘种的聚类分析及嫁接亲和性研究 认领 引用
18
作者 刘夔 李梓函 +4 位作者 张依 郝文洁 姜蕾 叶琦 付涛 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2025年第4期761-772,共12页
该研究以16种樱属植物为研究材料,利用EST-SSR分子标记技术对其进行聚类分析,旨在为钟花樱及其近缘种的物种分类、物种资源保护、砧木选择和杂交亲本选择提供分子水平的依据和技术支持。结果表明:(1)遗传多样性分析发现17对EST-SSR引物... 该研究以16种樱属植物为研究材料,利用EST-SSR分子标记技术对其进行聚类分析,旨在为钟花樱及其近缘种的物种分类、物种资源保护、砧木选择和杂交亲本选择提供分子水平的依据和技术支持。结果表明:(1)遗传多样性分析发现17对EST-SSR引物共检测出98个等位基因,每对引物平均为5.76个,有效等位基因数(Ne)为1.16~7.64,平均值为3.22;观察杂合度(Ho)为0.04~0.54,平均值为0.28;期望杂合度(He)为0.58~0.92,平均值为0.77;Shannon’s指数(I)为1.38~2.65,平均值为2.14;多态信息含量(PIC)为0.62~0.92,平均值为0.78。(2)聚类分析结果发现除了野生早樱和黑樱桃外,其余14个物种亲缘关系密切,聚为一大类(遗传相似系数CGS为0.6531~0.9184),其中,钟花樱和高盆樱之间的亲缘关系最高(CGS=0.9184),钟花樱和野生早樱之间的亲缘关系最低(CGS=0.7755),因此,建议使用亲缘关系较远的野生早樱和黑樱桃与钟花樱进行杂交实验。(3)在我国南方的生产实践中,已出现以华中樱为砧木,以钟花樱为接穗嫁接的高接苗。因此,从理论上讲,与钟花樱亲缘关系较近的华中樱、山樱、散毛樱和浙闽樱等也可以作为砧木,但还应考虑砧木的抗性、长势、繁殖和寿命等。通过嫁接实验得知,华中樱和山樱作为砧木嫁接钟花樱成活率最高(≥80%),与分子实验基本一致,比较适合作为嫁接钟花樱的砧木。该研究结果为钟花樱的选育、繁殖、保护和利用以及樱属之间的物种分类提供了分子依据。 展开更多
关键词 樱属 钟花樱 遗传多样性 亲缘关系 育种 EST-SSR
暂未订购 下载PDF
蛭类转录组中EST-SSR分析及抗凝血相关分子标记的挖掘 认领 引用 被引量：9
19
作者 王斌 孙静 +4 位作者 刘凌云 乔永锋 程霞 仝向荣 王德斌 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期172-178,共7页
目的对蛭类转录组进行SSR分析,是开发功能分子标记、开展对药用蛭类资源的开发利用及进行遗传背景监测的必要手段。方法利用与医学密切相关的医蛭科棒纹牛蛭Poecilobdella javanica和日本医蛭Hirudo nipponia、黄蛭科宽体金线蛭Whitmani... 目的对蛭类转录组进行SSR分析,是开发功能分子标记、开展对药用蛭类资源的开发利用及进行遗传背景监测的必要手段。方法利用与医学密切相关的医蛭科棒纹牛蛭Poecilobdella javanica和日本医蛭Hirudo nipponia、黄蛭科宽体金线蛭Whitmania pigra和山蛭科洞穴山蛭Heamadipsa cavatuses sp.nov.共14个样本,通过RNA测序及转录组分析,筛选吸血差异unigene,并比较4个种的SSR标记特征和分布,用于挖掘抗凝血相关功能EST-SSR。结果通过SSR密度分析发现,SSR在棒纹牛蛭、日本医蛭、宽体金线蛭和洞穴山蛭转录组中的间隔长度为4 723、6 026、8 059、8 144 bp;SSR组成分析发现三碱基重复的基序占蛭类SSR类型组成中绝大多数;另外,洞穴山蛭的SSR组成与其他3种存在明显区别。比较4种吸血蛭吸血前后转录组中表达丰度显著差异的unigene群,发现4种蛭中包含SSR且抗凝血相关的重叠unigene类群在转录组中呈较高的片段多态性。结论 unigene片段长度、SSR的密度、组成和分布特点能反映物种之间的分类关系;4种蛭重叠的抗凝血相关分子功能对应的EST-SSR,可作为抗凝血相关的功能分子标记侯选EST-SSR。 展开更多
关键词 EST-SSR 抗凝血相关基因 EST-SSR分布 功能分子标记 药用蛭类
暂未订购 下载PDF
冰草EST-SSR引物和小麦EST-SSR引物在黑麦属基因组的通用性分析 认领 引用 被引量：5
20
作者 李飞 代明 +6 位作者 段清清 杨燕萍 车永和 张锦鹏 鲁玉清 李秀全 杨欣明 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期735-739,共5页
为研究黑麦属植物的遗传多样性,开发R基因组特有的分子标记并绘制其遗传连锁图谱,选用1 343对冰草EST-SSR引物和786对小麦EST-SSR引物对新疆杂草黑麦和栽培黑麦(共计6份材料)的全基因组进行了PCR扩增,结果显示,有679对冰草EST-SSR引物... 为研究黑麦属植物的遗传多样性,开发R基因组特有的分子标记并绘制其遗传连锁图谱,选用1 343对冰草EST-SSR引物和786对小麦EST-SSR引物对新疆杂草黑麦和栽培黑麦(共计6份材料)的全基因组进行了PCR扩增,结果显示,有679对冰草EST-SSR引物能够扩出清晰的条带,占引物总数的50.6%;其中有187对引物在6份黑麦材料基因组中扩增产物表现为多态性,占其引物总数的13.9%,平均每对引物扩增条带数为1.1。有364对小麦EST-SSR引物可扩增出清晰的条带,占其引物总数的46.3%;其中有135对引物在6份黑麦材料基因组中扩增产物具有多态性,占其引物总数的17.1%,平均每对引物扩增条带数为2.0。冰草EST-SSR引物在黑麦中的有效扩增效率高于小麦EST-SSR的有效扩增效率,但扩增多态性后者大于前者。两种来源引物扩增强带比率分别为51.8%和32.6%。结果表明小麦和冰草的EST-SSR引物均可用于黑麦基因组分析研究。 展开更多
关键词 冰草EST-SSR 小麦EST-SSR 黑麦属 有效扩增 通用性
暂未订购 下载PDF
已选0条
引用分析
参考文献
引证文献
 统计分析
检索结果
已选文献
上一页 1 2 … 39 下一页 到第 页
在线咨询 使用帮助 返回顶部 意见反馈